重組蛋白表達技術可用于多種下游應用，包括基因調控分析、蛋白結構及功能分析、蛋白質間相互作用分析等。對于特定的應用，使用正確的蛋白表達系統是實驗成功的因素。在選擇蛋白表達系統時，所需考慮的因素是功能性、可溶性、速度及得率等。安必奇生物依托經驗豐富的留美科研人員和專業的蛋白表達、純化技術，可提供基于原核、酵母、昆蟲桿狀病毒、哺乳動物細胞等多種蛋白表達系統的蛋白定制服務。
四種蛋白表達系統的優缺點：
| 蛋白表達系統 | 優點 | 缺點 |
| 原核表達系統 | 時間短 | 無翻譯后修飾 |
| 比較便宜 | 一些蛋白不能很好的折疊 | |
| 放大過程簡單 | 蛋白分泌量少 | |
| 很好的表征遺傳學 | ||
| 酵母表達系統 | 適度快速表達 | 需要使用酵母分泌信號肽 |
| 很好表達胞內蛋白和分泌蛋白 | 安全性還需提高 | |
| 比較便宜 | 具有與典型的哺乳動物蛋白不同的N－聯聚糖結構 | |
| 大部分蛋白都能進行折疊和翻譯后修飾 | ||
| 昆蟲桿狀病毒表達系統 | 適度快速表達 | 比較貴 |
| 很好表達胞內蛋白、膜蛋白和分泌蛋白 | 難以放大 | |
| 大部分蛋白都能進行折疊和翻譯后修飾 | 具有與典型的哺乳動物蛋白不同的N－聯聚糖結構 | |
| 哺乳動物細胞表達系統 （瞬時表達） | 適度快速表達 | 比較貴 |
| 很好表達膜蛋白和分泌蛋白 | 胞內蛋白產量低 | |
| 所有蛋白都能進行折疊和真實的翻譯后修飾 | ||
| 哺乳動物細胞表達系統 （穩定表達） | 很好表達膜蛋白和分泌蛋白 | 比較貴 |
| 所有蛋白都能進行折疊和真實的翻譯后修飾 | 周期長 | |
